Sakura acompaña el resto del Equipo 7 durante la totalidad de sus primeras misiones, a pesar de que hace poco para contribuir a las batallas que tienen lugar. En cambio, Sakura se coloca al margen en todas las batallas, permitiendo que el resto de su equipo la proteja y derroten a sus oponentes. Durante los Exámenes Chūnin, cuando el resto del Equipo 7 se queda en necesidad de protección, Sakura se da cuenta de que depende de otros para poder luchar. Ella mejora sus habilidades ninja para poder proteger a sus amigos, y en el resto de la serie toma un papel más activo en las batallas del Equipo 7. Después de la huida de Sasuke de Konoha, Naruto va tras él para traerlo de vuelta, y debido a las pocas capacidades de Sakura para poder ayudar a cualquiera de ellos, ella se hace aprendiz de Tsunade, de modo que pueda hacer más para sus compañeros de equipo en el futuro.Sakura toma un papel más activo en la segunda parte, como es visto en su lucha contra Sasori, uno de los miembros más poderosos de Akatsuki , que con ayuda de Chiyo logran salir victoriosas.Como resultado de su victoria, Sasori le revela que tiene un espía vigilando a Orochimaru, y que se iba a reunir con este en el Puente del Cielo, pudiendo saber por medio de esto la ubicación de Sasuke. Naruto, Sakura, y los nuevos miembros del Equipo 7, Yamato y Sai, utilizan esta pista para encontrar a Sasuke, pero una vez más que son incapaces de impedir que escape. Mientras que están decepcionados por no haber logrado su objetivo, el Equipo 7 intenta de nuevo encontrar Sasuke, aunque después de que casi lo capturan, pierden su rastro y se ven obligados regresar a casa. En la lucha de Jiraiya contra Pain, en la cual Jiraiya muere, dejando un código en la espalda del viejo sapo Fukasaku, que mostraba como se podía derrotar a Pain, Sakura permanece al lado de Tsunade cuando Fukasaku le cuenta los hechos a la Hokage y mientras Shikamaru, Naruto y Kakashi logran descubrir el código casi por completo. Fukasaku ofrece llevarse a Naruto a Myobkuzan para entrenarlo y enseñarle las técnicas del ermitaño, para que pueda vengar al sannin. Cuando Pain y Konan invaden la aldea oculta de Konoha, durante el ataque, un ciempiés gigante intenta aplastar a una niña, pero Sakura lo derrota de un sólo golpe, tratando después las heridas de la pequeña.Cuando Pain se encuentra con Tsunade, este usa una poderosa técnica que destruye casi toda Konoha de una explosión, Shinra Tensei. Sakura se logra salvar gracias a miles de Katsuyu que Tsunade había invocado para que curaran a los aldeanos heridos, tras descubrir los cientos de muertos, Sakura llora pidiendo que Naruto regrese a la aldea y los salve a todos. Más tarde se entera de que Hinata había intentado salvar a Naruto y que cuando este se transforma en el Kyūbi y obliga a Pain a retroceder, este se dispone a rescatarla. Neji y Tenten logran rescatar a Hinata que está gravemente herida, mientras que Sakura empieza a curarla. Cuando Naruto logra vencer a Pain, Danzō es nombrado como el nuevo Hokage, ya que Tsunade se encontraba inconsciente. El Raikage envía una carta al nuevo Hokage, quien acepta la petición, la cual era colocar a Sasuke en el Libro Bingo. Naruto decide ir a hablar con el Raikage junto con Kakashi y Yamato, mientras que Sakura está pensando en ir a buscar a Naruto con Sai y los demás.