Como el protagonista de la serie, Naruto aparece en cada temporada de la serie y por lo general desempeña un papel destacado en cada una de éstas. Durante la primera parte, Naruto acompaña el resto del Equipo 7 durante la totalidad de sus primeras misiones con el tiempo va mejorando sus habilidades ninja y persiguiendo sus propias metas. Más tarde, tras una invasión en la aldea oculta de Konoha por parte de dos ninjas renegados: Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki, Naruto descubre Akatsuki, una organización criminal que trata de extraer el Kyūbi de su cuerpo. Aunque Jiraiya impide esto, los conflictos entre Naruto y Akatsuki se concentran en la segunda parte.Cuando Sasuke intenta dejar Konoha para ir en búsqueda del escondite de Orochimaru, para ganar más fuerzas, Naruto tiene un papel más enfatizado en la temporada, donde en un esfuerzo por detenerlo, comienzan una batalla y a pesar de que Sasuke intenta matarlo, dice que no puede hacerlo. Los dos continúan por caminos diferentes, pero Naruto no se rinde en traer a Sasuke de vuelta, por lo que deja Konoha para ir a entrenar junto con Jiraiya, y así estar preparado para la próxima vez que se encuentre con Sasuke.Dos años y medio después, Naruto regresa a Konoha y Akatsuki comienza a volverse más activo. Una vez que Akatsuki secuestró a Gaara, Naruto con otros ninja de Konoha van en su rescate. Sakura tiene una batalla con un miembro de Akatsuki, llamado Sasori, que con ayuda de Chiyo logra salir victoriosa. Como resultado de su victoria, Sasori le revela que tiene un espía vigilando a Orochimaru, y que se iba a reunir con éste en el «Puente del Cielo», pudiendo saber por medio de esto la ubicación de Sasuke. Naruto, Sakura, y los nuevos miembros del Equipo 7, Yamato y Sai, utilizan esta pista para encontrar a Sasuke, pero una vez más son incapaces de impedir que escape. Mientras están decepcionados por no haber logrado su objetivo, el Equipo 7 intenta de nuevo encontrar a Sasuke, aunque después que casi lo capturan, pierden su rastro y se ven obligados a regresar a casa.En la lucha de Jiraiya contra Pain, en la cual Jiraiya muere, éste último deja un código en la espalda del viejo sapo Fukasaku, que mostraba cómo se podía derrotar a Pain. Naruto, Shikamaru y Kakashi logran descubrir el código casi por completo. Fukasaku le ofrece a Naruto llevárselo a Myobokuzan para entrenarlo y enseñarle las técnicas del ermitaño, con las cuales podría vengar al sannin, por lo que éste acepta. Cuando Pain y Konan invaden la aldea oculta de Konoha Pain se encuentra con Tsunade y éste usa una poderosa técnica que destruye casi toda Konoha de una sola explosión, «Shinra Tensei». Más tarde, Naruto regresa a Konoha y libera una batalla con Pain cuando Naruto lo logra vencer, Danzō es nombrado como el nuevo Hokage, ya que Tsunade se encontraba inconsciente. El Raikage envía una carta al nuevo Hokage, quien acepta la petición, la cual era colocar a Sasuke en el Libro Bingo, el libro donde se encuentran escrito los nombre de todos los criminales peligrosos. Naruto decide ir a hablar con el Raikage junto con Kakashi y Yamato para que éste recapacite.